PEG修饰蛋白质主要通过PEG末端羟基与蛋白质氨基酸残基反应实现，而PEG末端羟基活性很差，必须使用活化剂对其进行活化，才能在体内温和的条件下对蛋白质进行共价修饰。常用的PEG活化方法有：

（1）羰基二咪唑法：该方法最早用于多肽的合成，被证明是形成酰胺键的良好试剂。

  (2）N-羟基琥珀酰亚胺法： (a)N,N-琥珀酰亚胺碳酸酯活化，此反应也需要在无水条件下进行。（b）琥珀酸酐及 N-羟基琥珀酰亚胺活化，该方法活化得到的聚乙二醇活性较高，最好是在非水环境中进行蛋白的偶联。

（3）氰脲酰氯法：氰脲酰氯又名三氯化嗪(TST) 是对称杂环化合物，David 等利用 TST 与聚乙二醇上的羟基反应 只有一个氯原子被取代，其它的氯原子与蛋白质的氨基反应。

（4）光气参与的活化方法：Kurfuerst 等在其专利中提到一些方法，分别用 N-羟基琥珀酰亚胺钾盐、硝基苯酚及三氯苯酚与光气反应制备活化聚乙二醇。活化主要分两步如下图所示。

（5）聚乙二醇对蛋白质的半胱氨酸残基的化学修饰，常见特异性修饰疏基的PEG活化方法

（6）酶法定点连接聚乙二醇：除了传统的化学修饰方法，也可以通过其它途径如酶催化来达到修饰的目的，以谷氨酰胺酶（G-TGase）为例。

最后，选择合适的蛋白质氨基酸残基位点或小分子药物位点进行定点修饰。用活化后的PEG对合适的蛋白质氨基酸残基进行定点修饰，从而改善天然蛋白质的疗效。